Los Centros se proponen que los alumnos, con la ayuda de sus profesores y en coordinación con la familia, construyan su propio aprendizaje, por lo que se fomenta la capacidad de esfuerzo. En este nivel de estudios, se emplea una metodología:
- Orientativa: el Profesor es el guía que motiva, estimula y hace más gratificante la actividad del alumno.
- Activa y especulativa: el estudiante confecciona su propio proceso de formación, en un continuo afán por descubrir nuevos conocimientos.
- Globalizadora: trata de integrar cada conocimiento en el contexto de su realidad.
- Realista y funcional: cada conocimiento debe tender a crear un hábito útil para la vida cotidiana.
- Flexible: dirigida a todos los alumnos, pero atendiendo a la singularidad de cada uno.
Junto a las áreas de conocimiento fijadas por la Ley, cada Colegio introduce, dentro del horario lectivo, otros Programas Propios, como son la preparación Predeportiva, orientada a aquellos deportes que tendrán que practicar en cursos superiores, y un programa de Juegos, tanto de interior como de exterior.
Asimismo, los Centros promueven los intercambios lingüísticos con alumnos de colegios en el extranjero, al tiempo que favorecen el uso racional de la Informática.
Además, gracias a las bibliotecas de aula, se fomenta el interés por la lectura y el aprendizaje de la consulta de ficheros y de la elaboración de fichas bibliográficas.
En cuanto a la actividad pastoral, sigue estando a cargo de los Sacerdotes y los alumnos que lo desean pueden recibir su Primera Comunión en el propio Centro.
Igualmente, se organiza para los estudiantes un amplio abanico de actividades complementarias, adaptadas a su edad, y siempre como apoyo de los programas oficiales y de los objetivos de los Centros del CEU.